Etter pålegg fra nasjonale myndigheter, lokale ønsker og egen strategi, er det brukt store midler til miljøtiltak i forbindelse med utbyggingene. Landskapsarkitekter har vært med under planleggingen for at de ferdige anleggene skal harmonere med naturen. Det er lagt vekt på å rydde og forme berørt terreng. Tilsåing, gjødsling og beplanting er også en del av etterarbeidene.

For å bøte på virkningen av at elva er «lagt i rør» er det bygd i alt 62 terskler i Otra og sidevassdragene. Tersklene er bygget på steder der en tørrlagt elv ville vært spesielt skjemmende. Mellom Hartevatn og Brokke kraftstasjon utgjør de 52 terskelbassengene 30,4 km vannflate, dvs. ca halvparten av hele strekningen. Vanntilførselen til den «tørrlagte» elva kommer fra lokale bekker og fra pålagt minstevannføring.

På grunn av de til dels store vannstandsvariasjonene i magasinene er livsvilkårene for fisken endret. Regulantene er derfor pålagt å sette ut fisk.

Settefisken blir produsert i Syrtveit fiskeanlegg, som eies av Otteraaens Brugseierforening. Anlegget ligger like nedstrøms Byglandsfjord dam. I Byglandsfjorden blir det satt ut blege, som er en lakseart. I flere andre regulerte vann blir det satt ut ørret og noe kanadisk bekkerøye.